Vou rever o conceito de tampão:
Para fazer um tampão ácido, adicionamos um ácido fraco e sua base conjugada.
Então, a base conjugada tem algo a ver com o comportamento ácido? Vamos averiguar. O íon $PO_4^{3-}$, que está no DNA unido ao backbone, é a base conjugada do íon $HPO_4^{2-}$, que é a base conjugada do íon $H_2PO_4^-$, que é a base conjugada do ácido fosfórico ($H_3PO_4$).
Vamos supor que eu adicione ácido fosfórico na água. Uma proporção disso viraria $H_2PO_4^-$ + $H^+$, ou seja, uma solução ácida.
Imagem 1. Ácido fosfórico (Wikipédia)E se eu adicionar somente $PO_4^{3-}$ em água?! Bem, isso não é possível, pois por razões físicas (ver discussão em <https://groups.google.com/forum/#!topic/sci.chem/qdrOVKCoLok> Acesso em 30 jan. 2014). De alguma forma, a pura presença desse grupo em água representa per se um potencial ácido. Representa haver íons de $H^+$ cuja existência depende dessa base conjugada. Caso fosse possível adicionar somente $PO_4^{3-}$ em agua, isso certamente deixaria a solução mais básica, por retirar íons $H^+$ da solução. Mas esqueça, não é possível.
O que aconteceria se fosse adicionado um ácido forte nessa solução contendo DNA? Sendo um ácido fraco, o DNA possui também um pKa, o que garante um balanço entre as suas formas "ácidas" $PO_4^{3-}$ + 3$H^+$ e "neutras" $H_3PO_4$. Com um aumento da acidez da solução, a forma "neutra" é mais presente. Em álcoois isso significa que o DNA perderá a solubilidade e precipitará. A adição de sais também diminui a solubilidade do DNA, pois o cátion (+) interage com $PO_4^{3-}$, de certa forma "neutralizando-o". Neutralizar não é um termo apropriado, mas uma interação semelhante ocorre e é por esse motivo que conseguimos isolar o DNA ou o RNA em solução, "brincando" com a solubilidade de cada uma dessas moléculas.
O DNA não possui exatamente um $PO_4^{3-}$, pois um ou dois de seus oxigênios estão ligados ao backbone adjacente, mas é algo muito semelhante.